--- title: 公益法人の立入検査の通知が来たら｜まずやることと当日の流れを、元・審査監督調査官の行政書士が解説します｜行政書士渥美洋行政策法務研究所 description: 行政庁から公益法人の立入検査の通知が来たら、まずやることは実施日と区分の確認と、代表理事・監事への共有です。検査の流れ、何を見られるか、よくある指摘と備え方を、元・内閣府公益認定等委員会事務局の審査監督調査官だった行政書士が解説します。 --- [コンテンツまでスキップ](https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/column/tachiiri-kensa#main-content) [![行政書士渥美洋行政策法務研究所](https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/hubfs/atsumi-hiroyuki-blog-wordmark.svg)ホームページ](https://atsumi-hiroyuki.jp/) - [ホーム](https://atsumi-hiroyuki.jp/) - [公益認定](https://atsumi-hiroyuki.jp/koueki) - [公益法人顧問](https://atsumi-hiroyuki.jp/koueki/management) - [コラム](https://atsumi-hiroyuki.jp/column) - [プロフィール](https://atsumi-hiroyuki.jp/profile) [初回相談](https://atsumi-hiroyuki.jp/contact) - [ホーム](https://atsumi-hiroyuki.jp/) - [公益認定](https://atsumi-hiroyuki.jp/koueki) - [公益法人顧問](https://atsumi-hiroyuki.jp/koueki/management) - [コラム](https://atsumi-hiroyuki.jp/column) - [プロフィール](https://atsumi-hiroyuki.jp/profile) [初回相談](https://atsumi-hiroyuki.jp/contact) # 公益法人の立入検査の通知が来たら｜まずやることと当日の流れを、元・審査監督調査官の行政書士が解説します ![渥美 洋行](https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/hs-fs/hubfs/20261109_%E5%9F%B7%E7%AD%86%E8%80%85%E5%86%99%E7%9C%9F_%E6%B8%A5%E7%BE%8E%E6%B4%8B%E8%A1%8C_%E6%AD%A3%E6%96%B9%E5%BD%A2.jpg?width=48&height=48&name=20261109_%E5%9F%B7%E7%AD%86%E8%80%85%E5%86%99%E7%9C%9F_%E6%B8%A5%E7%BE%8E%E6%B4%8B%E8%A1%8C_%E6%AD%A3%E6%96%B9%E5%BD%A2.jpg) 渥美 洋行 2026年11月11日 ## 立入検査の通知が来たら、まず慌てないでください 行政庁から「立入検査を実施します」という連絡を受けると、何か大きな問題が見つかったのではないかと身構えてしまうと思いますが、立入検査は公益法人に対して定期的に行われる確認の手続であり、検査の連絡が来たこと自体は、不正や問題が発覚したことを意味しません。内閣府が公表している資料でも、立入検査は法令で定められた遵守事項について、法人の運営の実態を確認する観点から実施すると説明されており、以前の実績では検査を受けた法人の約2割は特に指摘事項がなかったとされています。大切なのは、検査までの期間を、書類と説明の準備に静かに使うことです。 ## 通知が来たら最初にやること まず、連絡や通知の書面で、検査の実施日、対象期間、行政庁の担当部署と、検査の区分を確認して、代表理事と監事にその日のうちに共有してください。令和7年度から、内閣府では立入検査を、監督処分等の必要性の判断を念頭に置いて随時に行う「重点検査」と、実態把握のために定期的に行う「点検調査」に区分して実施しており、点検調査は半日程度で、法人の自己点検と担当者との対話に重点を置く進め方だと案内されています。どちらの区分なのかで心構えは変わりますが、どちらにしても、検査を断ることはできません。認定法第27条第1項に基づく検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又は質問に答弁せず若しくは虚偽の答弁をしたときは、理事、監事又は清算人に50万円以下の過料が科される決まりがあり（同法第66条第3号）、日程の変更には正当な理由と事前の相談が要ります。日程が決まったら、逆算して、備え置き書類と議事録と規程類の棚卸しを始め、当日に誰が説明するのかまで決めておく段取りが要ります。 ## 立入検査とは何か 立入検査の根拠は、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（認定法）第27条第1項です。行政庁は、公益法人の事業の適正な運営を確保するために必要な限度において、報告を求め、職員に事務所へ立ち入らせて、運営組織と事業活動の状況や帳簿、書類その他の物件を検査させ、関係者に質問させることができると定められていますが、同じ条文の第3項で、立入検査の権限は犯罪捜査のために認められたものではないとも明記されており、検査に来る職員は身分を示す証明書を携帯し、請求があれば提示することになっています（同条第2項）。頻度については、内閣府の「立入検査の考え方」では、公益認定後の第1回は認定後おおむね1〜3年以内を目途にできるだけ早期に実施し、第2回以降は直近の立入検査実施後3年以内に実施するとされており、令和7年度に内閣府が実施した立入検査は321件でした。問題のない法人については、検査の間隔が延びることもあると内閣府のメールマガジンで案内されています。 ## 検査の流れ 標準的な進み方は、行政庁が対象法人を決めた後に法人へ連絡があって日程を調整し、正式な通知は検査実施日のおおむね1か月前を目途に発出される、という流れです。当日は、午前中に行政庁の職員（2名以上）から検査の趣旨の説明があり、法人の運営に責任を持つ役員等から法人の概要を説明して意見交換をしますが、説明者は代表理事又は業務執行理事が最適とされており、監事や事務局長が補足する進め方が内閣府の資料に示されています。午後は、職員がガバナンス担当と会計担当に分かれて、各種書類の確認や担当者への聴き取りを行い、金庫、通帳、公印の保管状況や関連施設の現場確認も行われ、最後に検査結果の講評を受けて終了します。検査で重大な問題が確認された場合は、その先に報告徴収や、期限を定めた勧告（認定法第28条、勧告の内容は公表されます）、命令、公益認定の取消し（同法第29条）という段階がありますが、内閣府の資料でも、基本的には直ちに認定取消しということではなく、まずは法人に対して是正を求めていく進め方だと説明されています。 ## 何を見られるのか 当日に用意を求められる書類は、内閣府の資料では、事業報告書と事業計画書、社員総会（評議員会）と理事会の議事録、計算書類等の備置き書類、定款、役員等名簿と社員名簿、組織図と従業員名簿、内部規程類の一式とその一覧表、経理関係の帳簿と契約関係の書類、役員等の就任承諾書や履歴書と欠格事由の確認書、認定申請書（変更認定、変更届出を含みます）、事業関係の資料などとされています。見る側の関心は、大きく分けると、認定申請書や定期提出書類に書いた内容どおりに事業が行われているか、理事会や社員総会（評議員会）が決まりどおりに開かれて議事録に残っているか、会計処理と財産の管理が適正に行われているか、計算書類等の書類が事務所に備え置かれて閲覧できる状態になっているか、という点に集まります。 ## よくある指摘の傾向 内閣府が公表した、令和元年度から令和3年度に実施した延べ1,290法人の立入検査の結果では、指摘が多かった項目は、規程の未整備や運用の誤りが24%、備え置き資料や議事録の不整備が17%、会計処理が不適切であることが10%、現金や印鑑や金庫の管理が不十分であることが9%、代表理事等の理事会での報告がない又は確認できないことが8%でした。顔ぶれを見ると、不正の摘発というよりも、日々の運営の積み残しが指摘になっていることが分かりますが、令和7年度の検査では、新会計基準への対応、備え置き資料の設置、外部理事や外部監事の設置、変更認定と変更届出、ガバナンスの状況といった、新しい制度に伴う項目が主な指摘と回答の事項として挙げられています。 公表資料の顔ぶれは、僕が現場で見た光景と大きくは違いません。件数として多かったわけではありませんが、ちらほら見られたのが利益相反取引で、あとは会計処理の誤りでした。どちらも、不正を摘発するというより、取引や処理の前提を理事会で確かめる機会がないまま、運営が回ってしまっている形でした。 ## やってはいけないこと 検査が決まってから慌てて議事録や規程を作り直したり、実態と違う説明を用意したりすることは、最も避けるべき対応です。虚偽の報告や虚偽の答弁は過料の対象であり、書類の不備そのものよりも、事実と違う説明をしたことの方が問題を大きくしますが、不備があるなら不備があると認めて、いつまでにどう直すのかを説明できる状態にしておく方が、検査の場でははるかに良い結果につながります。もう一つは、当日の説明を事務局だけに任せて役員が不在にする進め方であり、法人運営全般については理事や監事など運営に責任を持つ者から説明を求めると内閣府の資料にも明記されているので、代表理事か業務執行理事が自法人の運営を自分の言葉で語れる準備が要ります。 ## 審査した側から見た、準備のコツ 僕は内閣府の公益認定等委員会事務局で、審査と監督に携わる調査官の仕事をしていましたが、検査に来る職員は、当日初めて法人のことを知るわけではなく、認定申請書と定期提出書類を読み込んだ上で、書類に書かれた内容と現場の実態が合っているかを確認しに来ます。ですから準備の出発点は、提出済みの書類と実態の食い違いを自分たちで先に洗い出すことであり、事業の内容が認定を受けた内容から変わっているのに変更認定や変更届出が出ていない、規程はあるのに運用が規程どおりになっていない、議事録に残すべき報告が残っていない、といった食い違いを一覧にして、直せるものは直し、直せないものは理由と今後の見通しを説明できるようにしておくと、当日のやり取りは大きく変わります。内閣府自身も、立入検査は法人にとって行政庁の担当者と率直に意見交換ができ、運営上の課題への助言が受けられる機会だと位置づけており、特に点検調査では、日頃疑問に思っていることを積極的に話してほしいと案内しています。分からないことを分からないままにせず、検査の場を制度を理解する機会としても使う姿勢が、結果として一番の備えになります。 説明の場では、事業の内容がよく理解できた法人もありました。資料が整っているかどうかだけでなく、事業を担う人が自分の言葉で事業を語れるかどうかで、こちらの理解の深さは変わります。反対に、ガバナンスがきちんとしていない法人も見られました。 講評の場で重く受け止められていたのは、事務局の作業への指摘よりも、理事本人への指摘でした。利益相反の扱い、交際費の取り扱い、資産運用の方針といった、理事の判断そのものに関わる事項です。書類の不備は直せば終わりますが、判断の進め方への指摘は、理事会がどう運営されてきたかという問題です。 まずは、届いた通知を代表理事と監事に共有して、備え置き書類と議事録と規程類の棚卸し表を作ることから始めてください。検査日までにする仕事は、その表の空欄を埋めていく作業です。 ※本記事は、公益法人の立入検査に関する一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の事案についての法的判断や助言を行うものではありません。具体的な対応にお困りの場合は、専門家へご相談ください。 ## 著者プロフィール **渥美 洋行（あつみ ひろゆき）／行政書士（渥美洋行政策法務研究所）** 内閣府公益認定等委員会事務局で審査監督調査官を務め、公益認定の審査と、公益法人への立入検査を含む監督の実務に携わりました。審査される側ではなく、審査する側の席から公益法人の運営を見てきた経験をもとに、公益認定の申請、定期提出書類の点検、立入検査への備えについて、法人事務局の実務に沿った支援を行っています。 ## 相談のご案内 立入検査の通知が届いたものの、何から手をつけるべきか分からない、提出済みの書類と実態に食い違いがないか第三者の目で確かめたい、という事務局の方は、スポット相談（オンライン60分）をご利用ください。検査日までの段取りと、優先して整えるべき書類を一緒に整理します。 また、定期提出書類の作成や変更認定・変更届出の要否判断を含めて、継続的に法人運営を点検する月額顧問も行っています。検査で指摘を受けてから直すよりも、指摘を受ける前に積み残しを潰しておく方が、事務局の負担は小さくなります。 相談の方法と料金は、当サイトのご相談案内のページをご覧ください。 ## この投稿を共有 [mailto:https%3A%2F%2Fkoeki.atsumi-hiroyuki.jp%2Fcolumn%2Ftachiiri-kensa](mailto:https%3A%2F%2Fkoeki.atsumi-hiroyuki.jp%2Fcolumn%2Ftachiiri-kensa) ## 続きを読む ### [非営利型の一般社団法人、残余財産の帰属先は定款にどう書くか](https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/column/hieiri-teikan-zanyo?hsLang=ja) ### [経営・管理ビザの事業計画書は、経営者が自分で書く](https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/column/keiei-kanri-jigyou-keikaku?hsLang=ja) [![行政書士渥美洋行政策法務研究所](https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/hubfs/atsumi-hiroyuki-blog-wordmark-light.svg "行政書士渥美洋行政策法務研究所")](https://atsumi-hiroyuki.jp/) - [ホーム](https://atsumi-hiroyuki.jp/) - [公益認定](https://atsumi-hiroyuki.jp/koueki) - [公益法人顧問](https://atsumi-hiroyuki.jp/koueki/management) - [コラム](https://atsumi-hiroyuki.jp/column) - [プロフィール](https://atsumi-hiroyuki.jp/profile) --- [プライバシーポリシー](https://atsumi-hiroyuki.jp/privacy) · [研究所概要](https://atsumi-hiroyuki.jp/about) · © 2026 行政書士渥美洋行政策法務研究所 ```json { "@context" : "https://schema.org", "@type" : "BlogPosting", "author" : { "@type" : "Person", "name" : "渥美 洋行", "url" : "https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/author/渥美-洋行" }, "datePublished" : "2026-11-11T12:05:00.000Z", "headline" : "公益法人の立入検査の通知が来たら｜まずやることと当日の流れを、元・審査監督調査官の行政書士が解説します｜行政書士渥美洋行政策法務研究所", "mainEntityOfPage" : { "@id" : "https://koeki.atsumi-hiroyuki.jp/column/tachiiri-kensa", "@type" : "WebPage" }, "publisher" : { "@type" : "Organization", "logo" : { "@type" : "ImageObject" } } } ```